Lo primero que vamos a ver es la definición de ontología que aparece en la Wikipedia:
El término ontología en informática hace referencia al intento de formular un exhaustivo y riguroso esquema conceptual dentro de un dominio dado, con la finalidad de facilitar la comunicación y la compartición de la información entre diferentes sistemas.
Ésto aplicado a los agentes permiten la comunicación entre aquellos que tengan definida una ontología común para poder entender los conceptos que se intercambian en sus mensajes. Un agente que quiera comunicarse con otros agentes que se muevan dentro de un dominio de aplicación dado (por ejemplo compra-venta de libros), deberá contar con una ontología común a esos agentes que definan los términos que se van a usar (en este caso: libro, editorial, autor, precio, ...).